Вправе ли заказчик включить в контракт условие об оплате по мере поступления средств

Нет, не вправе. Порядок, в котором средства поступают из бюджета, нельзя увязать с расчетами по контракту. Если средства поступили с задержкой, то это не освобождает заказчика от обязательств по контракту (определение Верховного суда от 14.05.2018 № 308-ЭС18-6367)